（本文内容与《Materials Studio学习笔记（十二）》内容相连较为紧密）
Connolly表面（康诺利表面）是计算化学和分子生物学中用于描述分子三维表面的一种模型，由科学家Michael Connolly在1980年代提出。它主要用于分析分子的形状、溶剂可及性以及分子间相互作用。
1 计算Connolly表面
本例子是计算沸石的Connolly表面。在沸石结构中有很多等位面，但是沸石不能直接像苯环那样计算出来，因为苯环是分子结构，不是晶体结构，但是向金属等晶体结构不能直接计算出来。
首先导入MOR的晶胞，点击Materials Studio软件中share文件夹，然后选择Structure，然后选择zeolites，最后选择MOR晶胞：
首先点击Tools选项栏中的Atom Volumes&Surfaces：
进入下面的界面：
正常固体是选择Gonoolly surface，Grid resolution选择Coarse、Medium、fine、Ultra-fine，这里先选择Corase，点击Create：
通过放大观察可以看到：
这是比较粗糙情况下进行的计算。
如果将Grid resolution改为Ultra-fine，可以看到：
将其进行放大，可以看到效果如下所示：
效果相对于原来来说更加精确。
将Grid resolution调整为Coarse，然后点击Atom Values & Surfaces选项栏中Analysis，然后更改康诺利半径：
增大康诺利半径由1.0增加到1.1：
增大康诺利半径由1.1增加到1.2：
增大康诺利半径由1.2增加到1.3：
增大康诺利半径由1.3增加到1.4：
增大康诺利半径由1.4增加到1.8：
查看下面的参数：
其中第一行是固定部分的体积，第二行是可自由移动的体积，第三行表示是表面积。
在上述众多等位面中，现在想要选中某一个等位面，可以点击Create Segregates：
进入下面的界面：
效果如下所示：
直接在选项卡中点击Segregate1或者Segregate 2可以选中。
直接点击鼠标右键然后点击Segregate：
在Constraints，对于Isovalue表示等位面的等值，值越大占据部门越小，正常情况下设置为在0左右即可。Values选择High表示高于0的部分，Connections选项栏中由可连接的和孤立的部分，例如这里选择Accessible效果如下：
Minimum size表示最小值，一般不用更改。
除此之外还可以在上面进行分析，点击Analyze Segregated Field：
进入下面这个界面，首先分析尺寸：
点击Analyze，效果如下所示：
在Segragate major axis适合椭圆形的隔离体，而Sergregate radius适合球形的隔离体。
例如点击Segregation separation，点击Analyze，结果如下所示：
2 计算金刚石的表面积
首先导入金刚石，点击Materials Studio软件中share文件夹，然后选择Examples，再选择Documents，再选择3D Models，然后选择C.msi：
点击Build选项栏中Build Cleave Surface，其中Cleave place(h k l)设置为1 0 0，然后Thickness设置为4.25：
效果如下所示：
再设置一个Thickness设置为1.25，最终效果如下所示：
然后再做一个真空层，这里厚度设置为20 Å，把厚度4.25设置真空层的效果如下所示：
把厚度1.25设置真空层的效果如下所示：
下面使用Connolly来计算表面积，点击Tools选项中的Atom Volumes & Surfaces，这里Grid resolution设置为Ultra-fine：
点击Create，然后结果如下所示：
这里表面面积为27.81，这里表面是不平整的。所以表面积要大于手动计算的结果。然后点击Create Segregate：